Le testimonianze circa il primo organo dell'importante chiesa degli Agostiniani di Amelia risalgono alla notizia relativa frate Agostiniano Leonardo D'Alemagna che in un rogito notarile del 21 ottobre 1472, scoperto da Fabrizio Conocchia nell'archivio di Stato di Terni, viene citato come testimone “residente nella città di Amelia per costruire l'organo della chiesa di S. Agostino”.

La scarsità delle notizie d'archivio su questa chiesa possono solo farci presumere che fino all'organo attualmente in essa conservato altri strumenti devono essersi succeduti dall'ultimo quarto del Quattrocento al primo dell'Ottocento. Tutto quello che sappiamo, al momento, è che l'organo che venne sostituito da Morettini si trova ora nella chiesa di Bazzano di Spoleto.

L'organo attuale, infatti, venne costruito da Angelo Morettini di Perugia nel 1841.

I Morettini sono a buon diritto considerati tra i massimi rappresentanti dell'arte organaria umbra e le opere di Angelo, fondatore della dinastia, sono di certo quelle più importanti.

L'organo è dedicato al priore della chiesa, l'agostiniano Antonio Merli, che doveva essere anche organista come si legge nell'incisione fatta dall'organaro sulla canna centrale della facciata:

ANTONIO MERLI / PNEUMATICUM HOCCE ORGANUM EXCITANTI/PRIORI SANE MAXUMO/AUCTOR ANGELUS MORETTINI PERUSINUS/ARTE IN MELIUS VOCANS GRATIAS AC OPUS SESEQUE DICABAT/MDCCCXLI.

Lo strumento, costruito secondo il gusto dell'epoca, è ricco di registri che ne fanno il veicolo di trasmissione del gusto operistico imperante nell'Italia della prima metà dell'Ottocento. L'organo, con le trombe, i flauti e perfino le percussioni trasferiva in chiesa le composizioni dei grandi operisti e l'eco dei cori, delle cavatine e delle cabalette (sia direttamente trascritte sia come fonte di ispirazione di brani organistici) riecheggiava durante i Preludi , gli Offertori , le Elevazioni . La ricca tavolozza timbrica riportata di seguito testimonia il pieno inserimento dello strumento di Morettini in questa temperie culturale. Aggiungono un tocco di colore le fantasiose denominazioni di Morettini per alcuni registri: Violoncello e Lira per due ance a tuba corta, Quintetto per il Flauto in XII e abbastanza diffuso Gariglione per Carillon (gioco di campanelli) mentre la Catuba e il Cappell o stanno per le percussioni d'orchestra Gran cassa e Cappello Cinese.

Lo strumento dispone di una tastiera di 50 tasti (Do1 - Fa5) in osso ed ebano e una pedaliera di 17 a leggìo con la prima ottava corta. Gli ultimi due tasti della pedaliera azionano rispettivamente il tamburo e la cassa espressiva per i registri ad ancia Violoncello e Lira .

Disposizione fonica
(con i pomelli disposti su due file; con l'asterisco sono indicati registri rubati o, più probabilmente venduti, negli anni Sessanta)

Fila di destra: Principale 8' Soprani - Principale 8' Bassi - Ottava - XII - XV - XIX - XXII – XXVI - XXIX - XXXIII (bassi) - XXXVI (bassi) - Contrabassi al pedale - Tamburo al pedale

Fila di sinistra: Voce umana - Viola (bassi) 4' - Violoncello (bassi) 8' - Corno inglese* (soprani) 16' - Traversiere (soprani) 8' - Lira (soprani) 16' - Ottavino (soprani) 4'- Quintetto 2 2/3 ' Decimino (soprani) 1 3/5 ' - Tromba Soprani* 8' - Tromba Bassi* 8' -Trombone al pedale* 8' - Gariglione - Catuba e cappello al pedale* - Tiratutti

La divisione tra bassi e soprani è posta tra Re3 e Re diesis3.